Nicht selten wurde er für seine Offenheit im Umgang mit den Schwächen und menschlichen Abgründen in der Wissenschaft auch von Kollegen kritisiert. In einem Interview mit der Frankfurter Allgemeinen Sonntagszeitung sagte Carl Djerassi im Mai 2008 dazu: „Chemiker sind Machos, die Forschung im Labor betreiben und nicht kapieren, dass Literatur viel schwieriger ist. Da bin ich total alleine. Ich habe da niemanden, aber ich kann auch niemanden brauchen.“ Djerassi ist außerdem Autor mehrerer Theaterstücke und plant momentan eine Kammeroper mit wissenschaftlichem Hintergrund. Den Doppelcharakter von Wissenschaft – nämlich als Erkenntnisform und als Handlungssystem – in hochentwickelt-arbeitsteiligen Gesellschaften mit indirekten Herrschaftssystemen hat Djerassi im Postscript zu Cantors Dilemma (1989) bündig so beschrieben: „Wissenschaft ist sowohl ein selbstloses Streben nach Wahrheit als auch eine Gemeinschaft mit eigenen Sitten und Gebräuchen und eigenen gesellschaftlichen Regeln.“